간이과세자에서 일반과세자 전환 기준(연 1억 400만 원)과 재고매입세액공제 신청 실무

소상공인의 세 부담 완화를 위해 개정된 부가가치세법 제61조 및 시행령 제109조에 따라, 간이과세 적용 기준금액은 직전 연도 공급대가(부가가치세가 포함된 총매출액) 합계액 1억 400만 원 미만입니다. 만약 직전 1역년(1월 1일 ~ 12월 31일) 동안의 공급대가 합계액이 1억 400만 원 이상에 해당하면, 그다음 해 7월 1일부터 다음다음 해 6월 30일까지의 과세기간에는 일반과세자로 과세유형이 강제 전환됩니다.

다만 모든 업종에 1억 400만 원 기준이 적용되는 것은 아닙니다. 부동산임대업이나 과세유흥장소(유흥주점 등)를 영위하는 사업자는 종전과 동일하게 직전 연도 공급대가 합계액이 4,800만 원 이상이면 일반과세자로 전환됩니다. 또한 간이과세자 중에서도 부가가치세 납부의무가 완전히 면제되는 기준금액은 여전히 연간 공급대가 4,800만 원 미만으로 유지되고 있으므로, 연 매출이 4,800만 원 이상 ~ 1억 400만 원 구간인 간이과세자는 업종별 부가가치율(15%~40%)에 10%를 곱한 1.5%~4.0%의 부가세를 신고·납부해야 합니다.

특히 주의할 점은 연도 중에 신규 개업한 사업자의 환산 규정입니다. 예를 들어 2025년 9월 1일에 개업하여 12월 31일까지 4개월 동안 올린 매출(공급대가)이 3,600만 원이라면, 1년 전체 매출은 1억 400만 원에 못 미치지만 이를 12개월로 환산한 금액(3,600만 원 ÷ 4개월 × 12개월 = 1억 800만 원)이 1억 400만 원 이상이므로 2026년 7월 1일 자로 일반과세자로 전환됩니다. 또한 본인이 기존에 일반과세 사업장을 하나라도 보유하고 있는 상태에서 추가로 매장을 내거나 일반과세자로부터 포괄양수도를 받은 경우에는 매출액과 무관하게 즉시 일반과세자가 됩니다.

직전 연도 매출이 기준금액(1억 400만 원)을 초과한 사업자에게 관할 세무서장은 전환되는 과세기간 개시일 20일 전인 매년 6월 10일경까지 [과세유형 전환통지서]를 발송합니다. 통지를 받은 사업자는 그해 1월 1일부터 6월 30일까지의 간이과세 기간에 대한 부가가치세를 7월 25일까지 신고·납부해야 하며, 7월 1일부터는 자동으로 일반과세자 사업자등록증이 교부됩니다.

이 전환 시점에 사장님들이 몰라서 수백만 원씩 놓치는 가장 중요한 권리가 바로 부가가치세법 시행령 제112조에 따른 재고매입세액공제입니다. 간이과세자였을 때는 인테리어나 주방설비를 시공하고 원재료를 사 오면서 10%의 부가세를 부담했더라도 매입세액의 0.5%만 공제받고 나머지 9.5%는 돌려받지 못했습니다. 그런데 7월 1일부터 일반과세자가 되면 그 재고상품과 설비를 이용해 10% 세율이 적용되는 매출을 일으키게 되므로, 전환일 현재 남아 있는 재고품 및 감가상각자산에 대해 과거에 공제받지 못했던 매입세액 차액을 국가가 뒤늦게 공제해 주는 제도입니다.

재고매입세액공제를 받으려면 세금계산서(신용카드매출전표·현금영수증 포함)를 정상적으로 수취했던 재고상품과 취득 후 2년(4과세기간, 건물은 10년=20과세기간)이 지나지 않은 감가상각자산을 파악하여, 일반과세로 전환된 날이 속하는 과세기간의 확정신고 시(통상 다음 해 1월 25일까지) [일반과세 전환 시 재고품 등 신고서]를 홈택스로 제출해 관할 세무서의 승인을 받아야 합니다.

간이과세자에서 일반과세자로 전환되면 체감 부가가치세 부담이 급격히 상승합니다. 예를 들어 음식점(업종별 부가가치율 15%)의 경우 간이과세 시절에는 매출의 1.5%에서 매입액(공급대가)의 0.5%를 뺀 약 1% 내외만 부가세로 냈지만, 일반과세자로 전환된 7월 1일부터는 매출 공급가액의 10%에서 세금계산서 등 적격증빙 매입세액을 차감한 금액을 납부해야 합니다. 인건비와 면세 농축수산물 비중이 높은 외식업 특성상 실제 매출 대비 4%~6% 이상의 부가가치세가 발생할 수 있습니다.

따라서 전환일인 7월 1일 이전에 반드시 매장 운영 전반의 증빙 수취 구조를 뜯어고쳐야 합니다. 상가 임대인에게 연락해 7월분 월세와 관리비부터 사업자등록번호로 전자세금계산서를 발행해 달라고 요청하고, 정수기·방역·인터넷·보안업체·포스기 렌탈사 및 식자재 납품업체에 일반과세 전환 사실을 통보해 모든 거래를 세금계산서 또는 국세청 등록 사업용 신용카드로 일원화해야 합니다.

아울러 음식점·제과점 등 과세사업자가 쌀, 채소, 정육, 수산물 등 면세 농축수산물을 구입할 때 계산서나 신용카드 영수증을 받으면 매입가액의 8/108(또는 9/109 등 업종·과세표준 구간별 특례율)을 공제해 주는 의제매입세액공제 한도와 공제율이 일반과세 전환 시 훨씬 중요해지므로, 전통시장이나 납품업체 거래 시 현금 영수증 대신 반드시 사업자 계산서(면세 전자계산서)를 수취해야 합니다.